为了对抗“阿尔戈斯百目（アルゴスの百目ユニット）”，在天野主任的主持下，利用Gigantic的共鸣现象的“共鸣感应系统”加速着手开发中。真名在上一次的战斗中留下心灵创伤，慎吾为了给真名分担而拼命地训练。看到这种情况的云仪，提出了“乘搭者间的协调性的训练”。于是次日大伙外出郊游来转换心情。在河边野餐的慎吾和真名找回了心灵的平静感。这时，大伙突然遭到某国的暗杀部队袭击。从危机中救出他们的是乐市率领的特殊部队“忍者（ニンジヤ）”。然后慎吾得知，真名原来也是“忍者”的一员，而真名现在守护的对象正是慎吾自己。