1945年,日本投降在即。游学归来的刑侦专家程慈航在码头遭遇了一次惊险的暗杀。原来,日本和国民政府的特务都在对一只铁箱展开争夺。里面装的正是日军细菌武器绝密档案。警察厅厅长莫采石不着痕迹地将铁箱存放在了档案馆的特密室内。由于内奸刘阿常的出卖,当晚档案即被盗,引发各方人士的一系列的凶杀抢夺。档案失窃,警察厅刑侦处处长严达庆办案不力,外界压力极大,这令警察署长霍然火冒三丈。美国人也对档案非常感兴趣,美国顾问团一名助理哈金斯火速赶来进行调查,不想档案馆特密室肖主任当夜被杀,线索中断,令案情更加扑朔迷离。警员关天平、欧阳倩等一众人等均期盼着程慈航能够接手此案。了解到此案牵涉到日军细菌武器的资料,程慈航立即向莫采石请战,要求经办本案。正为办案焦头烂额的霍然大喜过望,随即同意程慈航为警界特聘的布衣侦探身份加入首都警察厅,负责此案侦破。程慈航上任后,处处受到严达庆的刁难。他在欧阳倩等人的协助下,先后侦破了多起要案,也受到了霍然之女霍蜜儿的垂青。欧阳倩对程慈航暗生情愫,但苦于自己的特殊身份,一直不能全心去爱。谁都想不到档案已被莫采石藏在程慈航家的座钟之内。莫采石处处设障要程慈航远离真相,但程慈航通过霍蜜儿已经查到侍从室。欧阳倩不得不在职责和心上人之间作出艰难选择,而霍蜜儿却始终追求着程慈航,甚至不惜为他顶罪而被捕入狱,感情的天平渐渐倾斜。程慈航发现身边的人疑点重重,刘阿常原来是莫采石的一个潜伏的卒子!莫采石栽赃欧阳倩,让程慈航前去抓捕。程慈航坚持欧阳倩及许多爱国人士无罪,莫采石大骇。时局越来越乱,国军在正面战场上节节败退,官员人人自危。欧阳倩组织人手将负责的孤儿救助机构向南迁,这时,有共产党的地下组织主动伸出援手,希望帮助她将孤儿院北迁至解放区安全的地方。为争抢档案,程慈航众人和不明分子展开枪战。欧阳倩舍命保护程慈航,中弹倒地,程击毙蒙面人,发现竟是严达庆。在就医路上欧阳倩死去,程慈航嚎啕痛哭。追回的铁匣子经证实,只是一只赝品。程慈航一直在琢磨档案的黑幕究竟意味着什么。但很快刘阿常被人暗杀在玄武湖边。从留下的线索中,程慈航找到一条线索,直指莫采石。国民党节节败退,上峰下台,莫采石见大势已去,和哈金斯谈判。后者承诺只要莫采石能弄到档案,美国政府将安排他和程慈航的下半生荣华富贵。为了安抚程慈航的情绪,霍蜜儿悉心照顾他的起居饮食,并憧憬着二人去美国后的夫妻生活。和哈金斯达成交易后,莫采石回到办公室的里间,打开文件柜时却发现铁匣子不翼而飞,就在他惊恐万状走出里间时发现程慈航坐在沙发上。程慈航从包里拿出铁匣子告诉莫采石真相已被他了解。他冷冷地告诉莫采石,上峰比他玩得更高明,因为这只铁匣子也是假的,真的档案一直控制在上峰自己手里。莫采石坚决不信。他用特制钥匙打开铁匣子,惊讶地发现果然如此。程慈航告诉他真的档案就在城外的藏经楼。程慈航和霍蜜儿伪造证件去藏经楼调取档案。莫采石准备乘坐军机赴美,发现自己的中正剑被盗,联想到程慈航已经开始行动了。此时赶来的侍从室的人发现档案失踪,沿路追来,莫采石一不做二不休下令将他们杀掉灭口。程慈航继而被抓。莫采石在安排离开的事宜。关天平私放程慈航。程和霍蜜儿来到莫采石办公室阻拦他离开。在军用机场,哈金斯和莫采石终于等来程慈航的身影。哈金斯高兴地对程慈航说想通了就好,以后在美国大家有时间修复曾经的不快。程慈航面无表情地登上了军用飞机。飞机驶出跑道,霍蜜儿惊慌追来,见飞机启动,吓得一屁股坐在地上。原来程慈航回家将她绑在椅子上,自己提着一包炸药上了飞机。飞机在起飞后爆炸,机上无人生还。霍蜜儿在解放前夕随霍然离开。数月后,霍蜜儿在香港顺利产下一子,取名程继航。
第1集剧情
1945年南京火车站,程慈航看到拎着神秘箱子的小野后马上追上去,警察厅长莫采石下令一定要抢到箱子,就在程慈航快制伏小野时,警察欧阳倩和关天平赶到,小野逃跑,箱子被莫采石拿走。莫采石将箱子存进中央博物院的青铜馆,命名为五九档案。飞贼许老二和徒弟断指成功盗走五九档案。警察署署长霍然找到破案高手程慈航。