在太一一行人告别数码世界后,数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门,而数码世界的内部却没有太平多少时日,就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生,没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战,只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅(木内玲子配音)、井之上京(夏树莉绪配音)、火田伊织(夏树惠配音)等人,和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等,还有新的数码宝贝参与。于是,在第一代数码人的带领下,新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
第1集剧情
太一等人的冒险已经过去三年了——高石武搬到了御台场,在他上小学五年级的第一天的途中分别遇到井上京、火田伊织、本宫大辅,还有昔日并肩战斗的同伴——八神光。太一突然收到亚古兽发来的紧急信号,然后他进入了数码世界,但却无法使亚古兽进化,众人被迫躲到山洞里,在那里他们发现了一个有勇气徽章图样的东西。太一触碰它之后,三道光射出,原来分别是大辅、小京和伊织的新型暴龙机。大辅于是进入数码世界,并轻易举起太一用尽力气也拔不出的“数码装甲”,大辅的搭档V仔兽也同时诞生了。V仔兽让大辅叫“装甲计划!”使自己装甲进化成烈焰兽,打碎了角龙兽身上的黑色魔轮,使其恢复本性。战斗结束后,太一将自己的风镜送给了大辅。