神盾局特工衔接《复仇者联盟》的纽约大战,超级英雄和外星人的存在已经人尽皆知,全世界都在尝试适应新的现实。九头蛇组织的渗入令神盾局沦陷成了恐怖组织,菲尔·科尔森在尼克·弗瑞的允许下开始重建组织、收拾残局,而除了招募新人最重要的事情,就是必须建立起与政府机构的信任桥梁。同时,科尔森在领队在世界各地全力搜查“九头蛇”余党的踪迹,而昔日的伙伴如今沦为背叛者的沃德则是成为了他们唯一的线索。科尔森感觉自己当初复活期间所产生的“副作用”时不时会涌上心头,也发觉自己的自控能力越来越差,死命刻墙图、甚至为了查明真相而派队员去送死,屡次让神盾局陷入更大的危机。更吃惊的是,斯凯失散多年的父亲突然回归,并在身后也有一个从古到今毫无任何人见过的“异人”组成的联盟。斯凯因此再度为自己的身世产生疑问,也陷入了选择家人或者伙伴、左右为难的局面。
第1集剧情
1945年,卡特特工带领咆哮突击队攻陷九头蛇基地,缴获一大批不明物品,其中一个叫方尖碑,存档编号为084。现在,084号不明物品被政府收缴,新任局长科尔森带领新的特工小组,欲从政府手中夺回方尖碑。上任不久,科尔森派出几个手下执行任务,几个手下在执行任务的过程中遇到同样想要夺取方尖碑的吸收人-克里尔,吸收人为九头蛇工作,可以将身体变成任何接触过的物体,科尔森的几个手下虽然个个身手了得,但还是损失了一名特工。杀手逃离现场的时候留下了一些不明物质,科尔森的几个手下拾起不明物质返回总部报到。一行人拿着身份卡片穿越总部设置的层层障碍到达核心机要室,科尔森只愿意跟梅见上一面。其它几个手下见梅获得荣誉与科尔森见面,人人脸上升起羡慕的神色,其中一人愤愤不平也想跟科尔森见上一面。梅来到办公室中见到了科尔森,科尔森向梅询问之前行动遇到神秘杀手的经过,神秘杀手刀枪不如非常了得,科尔森暂时无法知道此人的姓名和背景身份,不过,神秘杀手被子弹击中的时候留下一些不明物品,科尔森的一个手下经过化验,赫然发现不明物品分离出了一些血液,血液自然来自神秘杀手,经过海量身份名单搜寻,神秘杀手的身份终于曝光。此人名叫克里尔是一名反动人员,克里尔拥有不凡的金属变化能力,肢体接触到任何金属物体都会变成同样的金属性质,科尔森与手下人研究克里尔的时候,克里尔正坐在家中不断变化自己的身份。经过一番摸除排查,科尔森发现克里尔会去一所校园袭击一名长官,长官接到神盾局的电话不以为然,提醒神盾局的人无需保护他,他的身边有许多身手不凡的保镖,对付一般的恐怖份子绰绰有余。不过长官想错了,克里尔不是一般的恐怖份子,他拥有特异能力不是凡人,长官身边的保镖根本不是克里尔的对手。虽然长官不愿意神盾局的人赶来保护他,但科尔森还是派出几个手下火速赶往校园,几人来到校园的时候正好遇到克里尔袭击长官,几个名镖冲着克里尔开枪,克里尔安然无恙抓起路边的铁链向科尔森的一个手下袭来,手下人不敌克里尔迅速后退,另外几人趁机向克里尔射出一种超强电流的子弹。克里尔中弹跪在地上无法动弹,强大的电流令他丧失了行动能力。长官有惊无险被带回神盾局审讯,科尔森来到审讯室亲自审讯长官。长官已经脱下军服,衣着普通如同一名囚犯被科尔森审讯。克里尔逃出神盾局寻找充满神秘力量的物品,科尔森派出几个手下来到一处仓库寻找神秘物品。一名女队员离开几个伙伴来到一处箱子旁边找到了神秘物品,潜伏在仓库中的克里尔现身抢夺神秘物品,女队员转过身子对着克里尔的身子击出几拳,克里尔平安无事站在当场。女队员意识到克里尔刀枪不入,心中升起一计转回身子拿出神秘物品想袭击克里尔,克里尔看着女队员拿起神秘物品,心中一紧就想后退,女队员拿着神秘物品忽然感受到一股强大的力量吞噬她的手臂,不等她回过神来,神秘物品发出光芒大有即将运行之势,在克里尔惊讶的目光中,女队员痛苦万分蹲在地上无法扔掉神秘物品,显然该物拥有吸食功能无法轻易甩掉。几个队员闻讯赶了过来,克里尔心知不能久留,赶紧转过身子逃走。队员们见女队员手臂阴黑一片像是被什么东西腐蚀,众人赶紧离开仓库带着女队员往基地方向赶去,基地中有高科技设备的医疗人员,女队员回到基地才有活命的希望。负责送女队员回基地的是一个男队员,二人坐在车上一个痛不欲生,一个崩紧神精向基地方向开车。女队员无法承受神秘物品的侵蚀力量,痛不欲生要求男队员砍断她的手腕,男队员非常理解女队员的处境,劝说女队员再忍忍,只要赶到医院,医生一定可以有办法救回女队员。 让男队员万万想不到的是,克里尔忽然出现在公路中心挡住了汽车,汽车撞在克里尔身上翻了几个跟斗支离破碎,女队员死在了车上,她的手腕断在车外,克里尔来到车外拿拾起神秘物品,在男队员恐惧的目光中扬长离去。