这一季的故事发生在上一季的3年后。这一季里,托尼(卡洛斯·博纳德 Carlos Bernard 饰)和米歇尔(基姆·瑞弗 Kim Raver 饰)结婚了,并且成为了CTU的主管,而杰克(基弗·萨瑟兰 Kiefer Sutherland 饰)的女儿金姆也加入CTU成为了一名情报分析员。剧情由一具被扔在洛杉矶卫生中心外并感染了致命病毒的尸体开始。一个墨西哥毒枭为了让美国政府释放自己的哥哥,以致命病毒为恐吓。杰克也因此又踏上了反恐调查之路。而这一季里面,杰克的调查并不顺利,为了打入毒贩内部,杰克不惜染上毒瘾,这导致他在调查中困难重重。而白宫方面,获得连任的鲍尔默总统(丹尼斯·海斯伯特 Dennis Haysbert 饰)康复后身边多出了一位私人医生女友,而总统的弟弟韦恩成为了他的得力助手,在连任压力面前,又要化解这场生化危机。总统还能像前几次那样给予杰克强有力的支持吗?
第1集剧情
第三季相比于第二季时空相隔了三年。首先是一具感染了致命病毒的尸体被扔在了洛杉矶卫生中心外面。Tony和Michelle结了婚,并且已是CTU的主管。他接到了来自一个名为Hector Salazar的墨西哥毒枭的恐吓,他声称如果不把他的哥哥Ramon释放,会有更多的人感染上这种病毒。事实上,Ramon是Jack通过做卧底抓回来的。就在Jack和他的新搭档Chase审问Ramon时,Ramon杀死了自己的律师,并且对Jack他们说了一些奇怪的话。Palmer总统还活着,并且三年来首回洛杉矶,目的是参加新一轮总统竞选的辩论会。他的弟弟Wayne成了他的首席助手,而他的私人医生Anne Packar成了他的女友。一个名叫Kyle Singer的年轻人拿着一包看似毒品的白色粉末,他晚些时候要把这包东西送到交易人的手里,而同时Salazar的手下正在监视Kyle。Kim此时也在CTU工作,并且和Chase交往了三个月。Kim决定在今天把这件事告诉Jack,但是Jack似乎染上了毒瘾。