在电影FTF里出现的变种alien从一个基因技术研究公司的员工肚子里钻出来逃跑了。Mulder和Scully找到了Gibson,他带Mulder去找那个alien。Scully证明出Gibson可能是外星人(所有人类都可能是)。X档案现在由Spender和Fowley主管。Gibson最后又不见了。
第1集剧情
联邦调查局探员Scully接受了一个新任务,去见一个整个调查局“最不受欢迎的人”。她敲门进去看见一个人坐在一张桌子前摆弄几张幻灯片,凌乱的办公室贴着很多张UFO的照片,还有一张印着飞碟的大海报,下面有“我想要相信” (I WANTTO BELIEVE)的字样。这个“最不受欢迎的人”正是Mulder探员。Scully探员在大学主修物理学,后来又进入医学院。Mulder探员对她很不信任,更对Scully探员试图用科学理论解释一切的态度嗤之以鼻。这一集就是他们7年合作的开始。他们接的第一个案子是发生在俄勒冈的高中生死亡事件。Mulder相信这个案子和外星人有关。